L’altare papale è sovrastato dal ciborio che fu realizzato nel 1367 da Giovanni di Stefano su commissione di papa Urbano V (1362 – 1379), al ritorno da Avignone. Nella parte alta sono contenuti, in preziosi reliquiari, i resti delle teste degli apostoli Pietro e Paolo. La sua struttura è a baldacchino a cuspide retto da quattro colonne di granito.
All’esterno è ornato da una fascia con dodici riquadri affrescati e attribuiti a Berna da Siena (1367 – 1368), ritoccati poi da Antoniazzo Romano e Fiorenzo di Lorenzo, e sono delimitati da statue del ‘300. Nella zona frontale si vede la Crocifissione fra i santi Paolo, Giacomo, Pietro e Andrea, tra le statue dei santi Pietro e Paolo. Proseguendo in circolo si notano gli affreschi dell’Incoronazione della Vergine, dell’Annunciazione e dei santi Caterina e Antonio Abate delimitati dalle statue di san Giovanni Battista e san Giovanni Evangelista. Segue poi l’affresco della Beata Vergine in trono con un cardinale tra i santi Lorenzo, Giovanni Battista, Giovanni Evangelista e Stefano, circoscritti dalle statue della Madonna e dell’Arcangelo Gabriele.
Infine, l’affresco del Buon Pastore tra quattro Dottori della Chiesa: san Gregorio Magno (con la colomba), sant’Agostino (vestito da vescovo), sant’Ambrogio (con il flagello) e san Gerolamo (vestito da cardinale) tra le statue di sant’Agostino e sant’Ambrogio.
La presenza del ciborio aiuta subito il pellegrino ad orientarsi verso il centro focale della Basilica: l’altare, il luogo dove Dio si rende presente nel Sacramento dell’Eucaristia. In questa chiave comprendiamo anche come il ciborio che s’innalza sopra l’altare voglia quasi custodire, proteggere e solennizzare ciò che è più prezioso al mondo: il Corpo e il Sangue di Nostro Signore Gesù Cristo.
